پنج شنبه 23 مرداد 1399 | Thursday 13 th of August 2020 صفحه اصلی گروه الکترونیکی کامپیوتر
1-4 میکروارایه

همانطور که در قسمت قبل ذکر کردیم ، یک میکروارایه ،یک تراشه کوچک است که بر روی تعداد زیادی از مولکولهای DNA  در شبکه های ثابت متصل شده است . این تراشه از نظر شیمیایی با پوشش شیشه ، نایلون ، غشاء یا سیلیکون شاخته شده است . هر سلول از یک تراشه میکروارایه ، مربوط به یک توالی DNAمی یاشد .برای ازمایش میکروارایه cDNA، اولین گام این است که RNAرا از یک بافت نمونه استخراج نموده و RNAرا تکثیر نماییم. سپس دو نمونه mRNAژن ،  داخل cDNA  که با استفاده از رنگ های فلورسنت مختلف برچسب گذاری شده رونویسی معکوس می شوند . (رنگ فلورسنت قرمز Cy5و رنگ فلورسنت سبز Cy3)

با توجه به ماهیت  مکمل جفت بازها ، cDNAبه oligonucleotide  خاصی در ارایه متصل میشود . در مرحله بعدی ، رنگ ها بوسیله لیزر برانگیخته می شوند بنابراین مقدار cDNA  می تواند به وسیله اندازه گیری شدت فلورسنت تعیین شود . لگاریتم نسبت شدت این دو رنگ به هم به عنوان پروفایل ژنی در نظر گرفته می شود .

  Log2 (intensity(cy5)/intensity(cy3))= سطح ژن

ازمایش میکروارایه به طور معمول سطوح تعداد زیادی ژن را در شرایط ازمایشی متعدد یا نقاط زمانی اندازه می گیرد .یک میکروارایه داده های ژنی متشکل از nژن و dشزط  می تواند به عنوان یک ماتریس n*d  با مقدار  M=[gij]بیان شود که i=1,2,…,n  و  j=1,2,…,dمی باشد .در اینجا هر المان gijنشانگر سطح  iامین ژن تحت jامین شرایط ازمایشی یا نقطه زمانی است.
 (شکل 1-1)

داده های ژنی خام ممکن است حاوی نویز باشند وهمچنین از اختلاف هایی که برخاسته از ازمایشهای زیستی است و مقادیر از دست رفته رنج می برند. از این رو قبل از هر الگوریتم
دسته بندی ، پیش پردازش نیاز است . 2 تکنیک پیش پردازش که به طور گسترده ای مورد استفاده قرار میگیرد ، تخمین مقادیر از دست رفته و نرمال سازی می باشد .نرمال سازی یک ابزار اماری برای رونویسی داده به فرمتی است که می تواند برای یک تحلیل خوشه با معنی استفاده شود . در بین تکنیک های متنوع و گسترده نرمال سازی ، رایج ترین ان ، روشی است که در ان هر ردیف از ماتریس M   استاندارد سازی می شود تا میانگین صفر و واریانس یک داشته باشد.

شکل 1-1 ماتریس داده های ژنی

Compatability by:
آخرین به روز رسانی سایت: سه شنبه, 22 اسفند 1391 - 00:26